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浣熊市地下某处基地。
“什么？蜂巢失去控制了？”
“
，红皇后系统被未知程序篡改，为了防止影响其他基地智脑，已经切断与各基地智脑的联系。另外这是红皇后失控前传来的图像。”
“通知伊萨克博士启动蜂巢内部的暴君消灭所有人！”
“
，那复仇女神计划是否终止？”
“蠢货！这种克隆体我们不是还很多吗！模拟实验换一个爱丽丝不就完了！”
“是
！”
……
袁英看着乖巧的红皇后，叫小缘快速在脑中播放了下剧情。
生化危机开始简单的讲述了安布雷拉（保护伞）公司。
世纪初，保护伞公司已经成为了全美最大的营利性组织，并且它在经济、政治上的触手伸及各个角落。表面上它是全球首屈一指的电脑技术和医疗保健品的供应商。但是很多它的雇员都不知道，它的主要利润来源于军事技术、基因研制以及生化武器。在一个寻常的日子，公司地下研究基地突然病毒爆发！爱丽丝身为地面保安人员，被基地防御机制所喷发的神经性毒气感染而暂时失去了记忆。这时公司认为是人工智能电脑“红皇后”出了什么问题。于是立刻派特遣队前去关闭“红皇后”。特遣队必须在规定的时间回到地面，否则他们将被封死在地下。
特遣队在地面建筑中遇到了爱丽丝和马特，马特是反生化武器者，前去寻找并接应自己的妹妹。遇见特遣队后马特自称是警察。于是特遣队将二人带在身边继续任务，众人又在通往地下蜂巢的电车上遇到了同样被神经性毒气感染的史宾斯。
特遣队在研究基地找到了“红皇后”控制室，然而“红皇后”一直通过摄像头监控着他们。在通往控制室的通道中，红皇后启动了激光防御系统。用激光杀死了队长和另外
名队员。破解了防御机制之后，当爱丽丝他们正在重启了“红皇后”时，“红皇后”的全息像出现恳求地对他们说：“若我失去电力，你们将会使失去主要系统能量。”卡普兰没有理会，按下了重启开关。这时“红皇后”愤怒的说道：“你们都将会死在这里”。
红皇后失去系统能量之后，被她关起来的丧尸都跑了出来。剩下的人开始了他们的逃亡之路。一名特遣队员杰迪死亡，蕾恩也感染了病毒。丧尸冲散了大家。走散之后爱丽丝恢复了记忆，想起来自己是线人！本来要帮助马特的妹妹拿到病毒，并把保护伞公司的丑事公布于众。爱丽丝在办公室遇到了去找妹妹的马特。马特和爱丽丝重新和大家在控制室会合，找到了地下通道。在地下通道中卡普兰和大家走散了，在回去的路上爱丽丝突然想到了病毒和血清在哪里。可是当他们来到实验室时，却没有发现。这时，史宾斯恢复了记忆。原来是史宾斯偷走的病毒和血清并把病毒释放到基地里的。病毒感染了地下工作者，使他们变成了丧尸。黑心的他想拿到病毒在黑市上卖掉。他抢到手枪并把其余的人关在了实验室中，独自去电车拿血清解毒。此时被“红皇后”释放了的舔食者出现，将史宾斯杀死。汲取他的
