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刘浩然与郭景祥等人协商，先派遣得力官吏和农牧研究所、诸农业大学等专业人士赶赴陕西各地，『摸』清情况，再制定详细的政策。
第一件事初步解决，刘浩然便提出了第二件大事，那就是如何处理西北人口众多的回回，也就是穆斯林。经过数百年的发展，穆斯林在西北地区获得长足的发展，加上元廷原来广袤的疆域和“征服”，使得很多中亚信仰伊斯兰的穆斯林回回迁居西北，甚至向中原发展。
刘浩然决定对穆斯林采取两种方式，对于已经被汉化的穆斯林，也就是丢失了本民族语言文字，改用汉字和汉文化，仅保持宗教信仰的穆斯林，刘浩然将其定位为回回，采取拉拢方式。对于这些回回，刘浩然准备将其分散迁居，以“大分散，小集中”的方式将他们全部迁居到汉人集中地地区，使得他们从西北的多数人口变成少数人口，再以周围的汉文化加以“侵蚀”，让儒家思想好好熏陶一把他们。
当然了，对于这些回回，“宗教自由”、“尊重宗教风俗”等政策是要提的，反正中国历来是宗教政策非常自由的，佛、道、穆斯林、基督教、犹太教、摩尼教等宗教都可以在中国土地上找到一席之地。但是刘浩然表面上实行“宗教自由”，但是骨子里还是推行儒家为主、中华传统思想独一的政策。不管你信什么教，你的子女总要上学吧，那么学校里教得全是中华传统思想和文化。刘浩然已经为大明确定了官方语言，那就是汉语，其它任何语言，包括蒙文、藏文等其它文字，官学等官方和正常生活中你是看不到了，只能在国史馆、大学等专门的机构看到。
对于那里还有自己的文字文化的穆斯林，刘浩然毫不犹豫采取打压政策。大明迟早是要向西发展的，那么这些穆斯林就只有两个选择，第一，接受华夏文明，成为回回，接受官府的安置和管理；第二，你必须向西退去，回到你穆斯林的势力范围去，到那里你想怎么活都是你的事情，到了大明的地盘就就必须服管制，胆敢作『乱』反抗，你先问问明军手里的枪炮再说。
刘浩然知道历史，西北历来就因为民族和宗教问题搞得动『荡』不安，他必须借着大好时机把这里理顺了，对于其它残酷的宗教政策，刘浩然已经够宽容了。宗教自由，允许你信仰自己的宗教，但是你不能对大明的主体文化和思想产生冲击和危害，你必须成为这个主体下的一个小分支。
按照这个政策，郭景祥等官员开始对陕西境内和代管的甘肃地区回回进行人口统计，然后再根据其他各省的人口统计，按照一定比例分散安排下去。所以，陕西省最先迁移出去的可能是那些回回。不过这个工程不比封山造林工程小，也需要长时间的『操』持。
不过这两件大事都是建立在明军对西北军事行动胜利的基础上，傅友德和徐达正在加紧对甘肃北元残部进行进攻。
首先是退守盘踞在甘南秦州一带的李思齐部。扩廓帖木儿已经逃到甘东地区，他重新在甘肃灵州（今宁夏灵武）立帐扯旗，几个月过去，各路残军汇集在他的旗下，又聚得五万多兵马，与李思齐遥遥呼应。
不过李思齐却不服扩廓帖木儿的管，他们两人原本就有仇隙。李思齐原本是察罕帖木儿的把兄弟，曾经为其出过大力，算是扩廓帖木儿的父辈。可是扩廓帖木儿上位之后，对于这位“叔父”甚是无礼，李思齐不由大怒，于是便不听从其命令，在陕西自成一派。扩廓帖木儿也大怒，加上李思齐掌握着一支不小的军事实力，其中不乏察罕帖木儿的精锐旧部，扩廓帖木儿也想将其收为己用。
于是，扩廓帖木儿调兵与李思齐大打出手，双方激战了一年有余，不分胜负。这时元太子已经凭借扩廓帖木儿的力量『逼』死了孛罗帖木儿，重回大都，并与元帝“和好”，开始猜忌其权柄甚重的扩廓帖木儿，借着这个机会将扩廓帖木儿夺职，自己总制天下兵马，并拉拢李思齐，防范扩廓帖木儿。
后来明军北伐，元军兵败如山倒，李思齐也退据秦州，但是与扩廓帖木儿的仇恨已经结下，是不可能一时化解的，所以两支元军残部是各自为战。
针对这一情况，傅友德和徐达制定了相应的战略，先打扩廓帖木儿这最具威胁『性』的一支。但是在表面上，傅友德和徐达调兵遣将，摆出全力剿灭李思齐部的势态，对扩廓帖木儿只是防范，以『迷』『惑』其。
明历二年七月，北元朝廷在上都大败，元帝又一次逃遁的消息传到灵州，元军将士人心晃动，很多人开始自谋出路。有大将脱脱不花因、哈麻刺等人遣人暗中向明军请降，愿为内应。
驻扎在环庆防御的徐达收到这个消息，秘密调集了一万五千轻骑，日夜赶路，奔袭灵州元军大营。
扩廓帖木儿当时正在帐中读书，忽然外面喊杀连天，明军在内应的接应下突入营中，四处烧杀。扩廓帖木儿料知内外有变，急忙推案而起，连靴子都不及穿齐，光着一脚跑出帐外，跨上一匹马飞逃。仓促之间，手下只有十八骑跟随。扩廓帖木儿北渡黄河后，一直逃回到漠北哈拉和林。其所控制的陕西、甘肃一带，皆被徐达率兵占领。
扩廓帖木儿一败，李思齐就成了孤军，他思量许久，在走投无路的情况只好接受了傅友德使者的劝降，举军归附明军。至此，北元在西北的残部基本被清除。
刘浩然留徐达继续在甘肃一带巡防地方，编练军队，召傅友德入长安，协商西北下一步的策略。
听完傅友德对西北情况的叙述，刘浩然决定暂时放弃继续西进的计划。一旦西进，不仅需要优势兵力，更需要牢靠的后勤保障。现在陕西、甘肃部分地方初评，还不是很稳定，北边又受到北元的威胁，一时无法支持一场大战役，只有治理好地方，消除北方的威胁，西进才有可能。
“二哥，西北现在已经打成这样了，一时半会不会改变，你现在的任务是靖平地方，编练军队，就地军屯。”
“陛下，陕西、甘肃地方复杂，民风彪悍，的确花费一番心思，我和徐达商量过，至少要一年时间才有可能将这里和降军收拾好。”
“一年？”刘浩然心里盘算着北方的战事，&#
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一年时间估计北边和东北都不会有太多的变化，只会继续进攻，扩大战果而已。
“二哥，你可以多花些心思在南边。”
“陛下，你是指巴蜀？”
“对，现在北方收复，逐渐稳定，我军已对巴蜀伪夏形成包围之势，该做好准备了。
傅友德在心里盘算了一下说道：“陛下，只要给我一年时间，我就可以在不影响陕甘防务的情况下聚得十万精兵，随时可听从调遣。”
“一年时间？”刘浩然有些犹豫，他当然迫切想将巴蜀之地收入囊中，但是现在明军北伐几乎把家底打空了，而且主力尽在北方一线，南边仅仅维持自保，怎么样才能配合傅友德对巴蜀进行征战呢？
明军的长江舰队倒是犀利，只是三峡河道狭窄，水流湍急，长江舰队的炮舰巨船逆流而上多有难处。想来想去，刘浩然决定对巴蜀进攻以北边的傅友德部为主力，从湖广等地调集少量部队以为策应，吸引夏军的注意力，掩护傅友德部从北边发起进攻。
处理陕甘事宜，刘浩然于八月出河南，在洛阳、汴梁东京巡视十几日，然后一路南下，过南阳、襄阳入武昌，再至巴陵、长沙，然后入江西，在宜春调头北上，入南昌，于九月底抵达九江，在那里坐上长江舰队巨船，顺江而下，中途在太平、铜陵巡视十余日。十月初十，上中都合肥祭拜祖先陵墓，事毕，于十月二十日回到南京。
