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自从刘浩然平定湖广、福建、两广之后，便开始迅速对这些地方进行恢复，经过几年的努力，各地都基本上安定下来，而在剿灭各地残余叛军的同时，这五省也开始征召青壮入伍，编练守备军和常备军，尤其是各地的苗军。
刘浩然借着诸地初平的时机，于龙凤八年开始进行改土归流，也就是改土司制为流官制。土司制是从元廷开始施行的，上百年沉积了不少弊病：土司对内残暴统治属民，对中央叛服不常，『骚』扰与之接壤的汉民，而土司之间也不断发生战争。
为了铲除这些弊病，保证大明边疆和偏远地区的安宁，刘浩然采用了强硬手段进行整治，而十几万平定湖广、两广的军队正好还留在地方，正好派上用场。根据刘浩然的命令，主持这件事的傅友德先颂布王令，劝服那些土司自动投献，凡响应者不仅财产人口皆保，还能获得一笔不小的封赏，而愿意离开偏远之地，官府还为帮他们迁居到繁华城镇，做个富足翁。
接着是勒令纳土，凡响应者除了没有犒赏，财产人口也能皆保。这两步走完，如果土司还是不识时务，等待他们的则是大军进剿。
为了配合军事行动，刘浩然采用了以前电影中看到了“剿匪经验”，提出只惩首恶，不办胁从，并派遣了大量军政人员和官吏，每收复一地便清查户口，丈量土地，然后按照江南经验给治内百姓分配土地和土司的钱粮，尽可能地将百姓与土司势力分割开，并修葺建城池，设学校，扼据险要，开化民智。
与云贵广西接界的湖南﹑湖北、广东等省的土司由于靠近内地，汉化较高，又势力有限，纷纷自愿或被迫交出世袭领地及土司印信，归政江南。至于广西省和随后平定的贵州省由于长期远离中央政权，山中猴子当惯了，丝毫不把傅友德的命令当成一回事。
于是傅友德指挥十几万大军先挥师杀入广西，凡是负隅顽抗者一律斩杀，连根拔起，凡是战败投降者则是没收其土地和大部分财产，将其与族人分散迁入江西、安徽等内地，另给田房安居。龙凤九年，傅友德又率军杀入贵州，花了一年多的时间终于扫平了这里顽抗的主要土司，初步平定了贵州。
虽然有不少土司和追随者不甘心失败，时时策划反抗，甚至一度曾经威胁到贵阳，但是最终还是被强大的军事力量平定下来了。
傅友德取得成功，除了强大的军事力量和严明的军纪外，强大的支持和配合也功不可没。为了支持傅友德，刘浩然要求陆军部对参战部队进行轮战，编练出几支步兵团便调上去替换磨练出来的老部队，这样既可以保持军队的士气和数量，又让那些土司叛军成了磨刀石，用实战帮江南训练军队。
根据刘浩然的命令，广西省、贵州省全部按照例制设府县，设知府、知县和守备县尉，完善基层行政和军事体制。在分配土地后，内阁决定给贵州、广西、湖南、湖北、广东五省改土归流的府县免除五年的赋税，而五年之后因为这些地方土地贫瘠，赋税也会比内地少上一部分，大大减轻了当地百姓的负担，慢慢争取到了民心。
由于江南一直保持着强大的军事压力，而进剿的诸军又严格执行军纪，对当地百姓秋毫未犯，没有激发军队与百姓的矛盾，反而因为自定远军传下来的帮民、爱民的传统获得了当地百姓的不少好感。加上分配土地和一系列的免税政策，终于使得这些地区的民心慢慢地向江南政权倾斜，愿意跟着土司作『乱』的人也越来越少。
为了长远打算，刘浩然与内阁还制定了将来的移民政策。为了北伐和驱逐鞑虏，江南少不得要大肆招兵买马，军队至少要招编到两百万之上。而一旦北伐成功，大明的军事压力将小很多，也必将开始裁减一部分军队。按照刘浩然的想法，在完善民兵这一预备役制度的基础上，大明应该对常备军和守备军采用不同的策略，守备军采用义务制，凡是十八岁健康男丁必须在守备军中异地服役三年，期间家中可以免除一部分赋税，本人可以领到算是“微薄”的津贴。退伍后还回原地或者继续读书上学，而且全部编入民兵预备役制，每年必须集中进行军事训练，免得荒废了军事技能。当然为了避免守备军人数过多，义务服兵役时需要经过挑选，身家清白、身体健康或学子都优先考虑，而且为了吸引服兵役，内阁还制定了一系列优惠措施，例如服完兵役后入学考试、招工考试甚至司政考试都能得到“加分”。
常备军采用精兵制和招募制，守备军中优秀者可以“自愿”加入常备军，而常备军的待遇就优厚多了，不仅军饷津贴高，而且家里还可以因此长期免除一部分赋税。常备军一般服役十年左右，服役期满直接转为巡检或其他公职。
不过这些都是设想，在大明即将北伐的现在是不可能执行的，否则光是那些费用就能叫大明『政府』破产不可。
而至于那些招降收编的十几万土司军队，&#
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ｈ.刘浩然下令将他们全部进入到守备军制中，悉数拉到内地进行军事训练，优秀者编入常备军，准备好好在北伐中好好历练一下他们。
湖广商人在武昌看到的大军渡江，估计就是这些编练一年多的“新军”。听到这个消息，另外有人言道：“你这么一说我也想起了，上月我在扬州也看到运河上的船全是兵，还有堆积如山的粮食，听我家掌柜的说，那些粮食全是这几年从占城等南洋地方购进的。看来真的要北伐了。”
“可不是吗？”张才一拍大腿说道，“我邻居家三小子在太平工厂上班，原本平常年假有十天，可是今年在家里呆了不到五天便急匆匆地赶回太平。你们想想，这要是北伐起来，那要的刀枪军械还不得流水介泼出去，这下可有得他们忙的了。”
“的确是，”湖广商人又开口了，“往年我们来定棉布，那是要多少有多少，可今年不行了。商号放话了，去年军中下了一大笔棉布棉衣的订单，现在供给我们棉布全得限量，这还是优惠咱们自己人，供给日本、南洋的棉布去年下半年就停了，急得那些商人从去年就围着商号打转，恨不得一头撞死在商号门口。
“撞死也没有用，”田六撇撇嘴说道，“北伐是多大的事？能耽误吗？别说不给他们棉布，就是要我们三年没棉布用咱也答应了。”
“是啊！”众人纷纷点头赞同道。
