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在奏疏中，他无认罪觉悟，为与满洲议和一事辩解。
首先陈述两年来国家内外交困的种种情形，直言是奉旨派马绍愉出关议和，虽然出发点是为了祖宗江山，但恐朝臣大肆张扬，崇祯命他秘密进行，原打算事成之后，再举朝宣布。如今既已经事泄，不妨就此说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯大怒，破口大骂：“该杀！”
其实他也知道陈新甲说的没错，但是奏疏中的奉旨议和四字，是他的大忌，于是又下一道手谕，责备陈新甲违旨议和，还试图让陈新甲领悟，引罪自责。
陈新甲却是更加相信崇祯要杀他，索性横下一条心，又上一封奏疏，不惟不引罪，还具体地指出了崇祯密喻的时间和内容，将崇祯给他的各次密诏披露无遗，他认为这封奏疏将使崇祯无言自解，为自己洗脱罪名。
崇祯也不是吃素的，意识到自己下的手诏，陈新甲在看过后分明没有遵旨烧毁，应该仍藏在陈新甲家中，他一方面下诏，将陈新甲逮捕下狱，交刑部从严议罪。
另一方面，命吴孟明率领锦衣卫将陈家包围，严密搜查，宫中的手谕，一概抄出，马上密封，倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，从严治罪！
吴孟明害怕查抄不全，被崇祯疑心，惹祸上身，又担心曹化淳嫉妒，于是恳求崇祯命曹化淳一同前去，崇祯也有点不放心，同意了吴孟明的要求。
当夜二更，曹化淳和吴孟明带领人马闯入陈宅，将陈新甲的妻妾、儿子和重要奴仆全数拘捕，逼他们道出收藏重要文书的地方，果然，在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。
二人严密封好，连夜送往宫中。
崇祯支开二人和宫女太监，一封封捡看，心里悔恨交加，这的确是他的手迹，没想到陈新甲竟然还留了一手，简直是用心险恶！
接下来的一段日子，以首辅周延儒为首的诸多朝臣，上疏救陈新甲，毕竟局势已经烂到了极点，不仅对满洲无任何良策，中原又快速沦限，值此国难之际，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，会使知兵的大臣从此寒心，视兵部为危途。
而且明眼人都能看出，对满洲和议是出自上意，陈新甲只是秉旨办事，随着局势的全面恶化，很多人认清了国家将亡的现实，连国都要没了，还谈何气节，已经不再认为和议是丧权辱国，倘若崇祯对陈新甲从轻发落，虽然仍会有言官上疏争论，却也左右不了大局。
只是崇祯痛恨陈新甲在疏奏中的奉旨行事，虽然奏疏被留中，可以销毁，可是让陈新甲活下去，就形同于默认了陈新甲确是遵照密旨行事，同时陈新甲还有可能道出事件的曲折经过，所以在朝议时，多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，此人留不得。
虽然刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，陈新甲都没有可死之款，崇祯急了，将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫，地上跪了一片。
崇祯厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审，不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾，三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”
刑部尚书战栗说：“请陛下息怒，臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪，故臣等无法为陈新甲拟罪。”
崇祯大怒道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，&#
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;他连失洛阳、襄阳，福王生死不明，襄王等亲藩六王被贼人杀害，难道不更甚于失陷城寨么？为何斩不得？”
左都御史辩说：“虽然宗室诸多连遭不测，但非本兵直接过错，还望皇上乞怜……”
崇祯没耐心听下去，将御案一拍，哼道：“不许尔等再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪，下去！”
首辅周延儒跪下道：“请陛下息怒，按律，敌兵不薄城，不至斩本兵……”
崇祯打断道：“连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！”
三法司大臣叩头退出，重新商议，虽然他们知崇祯决心要杀陈新甲，却仍希望有回心转意时侯，于是把陈新甲定为斩监”，呈报崇祯钦批，崇祯提起朱笔，批了立决二字。
京师臣民闻知此事，舆论哗然，但没有人敢将真正的舆论传进宫中，于次日午日三刻，陈新甲于西市就斩，三日后，陈新甲被斩的消息传到了临清。
