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大蛇丸的一生足以写成一本比板砖还要更厚的传记。他的经历可以看成这样一些阶段。
童年时期阶段。
大蛇丸自幼父母双亡，六岁毕业于忍者学校后，与自来也、纲手一同成为猿飞日斩班的成员。
他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。
因此在年幼时，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态（如同旗木卡卡西所说的，就像漩涡鸣人和宇智波佐助的关系一样）。
因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本身善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究术，所以便开始研究不老不死之术以及复活亡者的术。
木叶三忍阶段。
在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手曾联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。其他木叶忍者皆死伤枕籍，唯只有他们三人能支持到最后，半藏因而赐了他们“木叶三忍”的称号。
而在当年的雨隐村任务中，他们三人亦偶遇上三名雨隐村的遗孤，小南、弥彦和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因着自来也的维护的存活下来，更得到自来也传授忍术。
大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。
但后来由于潜心研究禁术，并掳走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部注意上他的古怪行径，最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本欲杀他，但最后于心不忍）
他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他背离木叶的决定。自来也往后仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追踪著大蛇丸的行踪。
叛逃木叶阶段。
在刚获得风魔一族的肯定后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。
加入晓之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近成功了。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体作转生容器，但被鼬的幻术击退。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来他结集势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲、鬼灯水月、重吾、香燐、药师兜、音忍五人众，即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
木叶崩溃行动阶段。
五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。
他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。
在战斗前，大蛇丸以秽土转生禁术，将初代火影和二代目火影复活，跟自己合击第三代火影。战中，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美女人的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此女的身体作自己之用长达多年。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。
二人交战时初时不分上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈力衰，功夫大不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雉剑重伤第三代火影，最终未能完全封印大蛇丸，只封印了他的双手，使之无法结印。
他的双手被封印后，失去了使用忍术的力量（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。
砂忍其后才知道真正的风影已被大蛇丸所杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃行动”，最终以失败告终。
三忍大战阶段。
大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。
七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。
起先大蛇丸利用纲手怕血这一弱点占据上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。
此时大蛇丸和自来也激战正酣，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，不想剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。
这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。
佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。），临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。
尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。
疾风传前期阶段。
三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。
大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。
