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轩辕接任族长的位置之后便照清虚所传授的方法，开始教授族人更好的农耕之法。神农教人们将山林焚毁，然后在焚毁的山地上种田，轩辕发现这种方法有时很不好。当人们烧山之时有可能遇上逆风，那样不但山烧不成，而且还会将放火烧山的族人烧死。而且这样的田地耕种数年之后肥力会下降，田里收获的粮食会越来越少，人们就会放其原有的田地，转而继续烧山为田，将山林慢慢的毁去。轩辕发现将人或动物的大小便埋在土中可以提高田地的肥力，这样土地便可以继续使用而不用继续冒着被烧死的危险去烧山为田。轩辕还用清虚所教授的方法来训练部落的勇士，使他们的战斗力增长了很多。周围的部落闻听有熊部落强大且其为帝师清虚道君的弟子，便纷纷率部落归顺，先后有熊、罴、貅、貙、虎、雕、鶡、鹰、鸢九个大部落归顺，使得有熊部落的实力越来越大。轩辕的名声慢慢的传遍了整个洪荒人族部落，神农听说这位师弟的所作所为后非常高兴，常对人说：“有熊部落的公孙轩辕乃是贤者，日后我将效仿伏羲氏将天下共主之位传于轩辕。”
神农的儿子榆罔听说之后非常不服气，对神农说道：“父亲为人皇，日后人皇之位也当由我继承，他公孙轩辕有何德何能可当天下共主。”这榆罔从小聪明好学，后来习文练武，成长为一位能征善战的大将军。曾有东夷部落之人不服神农管教进犯神农氏东部边境，十七岁的姜榆罔奉命驻守旧都伊川，并且在那里筹建军队，与东夷人作战，多次击败敌人，受到了神农的夸奖和族人的崇拜。
当时有燧人氏的后代仓颉认为自己乃是圣皇燧人氏的后代且独霸一方，没必要遵从别人为帝，于是拒绝朝拜炎帝，并且率族人东征，神农为增加轩辕的威望便让轩辕率有熊部落的勇士征讨仓颉，轩辕接到神农的命令之后师熊、罴、貅、貙、虎为前驱，雕、鶡、鹰、鸢为旗帜，不过数月时间便击败仓颉，仓颉见轩辕的有熊部落强大，而且轩辕长的器宇轩昂仪表不凡，认为轩辕以后定能成大事，便率部落投降融入了有熊部落。人族众部落闻听更是敬畏轩辕，神农听后也是极为高兴。
巫族自与妖族大战之时由于抽调了几乎所有部落的大巫，在被华胥偷袭时便几乎被灭族，只剩下寥寥数人，留守祖巫殿的大巫刑天和九凤关闭了祖巫殿在殿内闭关，守护巫族的圣地。而其他大巫、小巫、巫人更是躲入各处大山之中不再出世，而妖族更是凄惨，妖神修为的大妖更是几乎死光，巫妖二族似乎已然退出了洪荒的舞台。
却说那巫族有一大巫名换蚩尤，也曾随祖巫攻打天庭，在众祖巫自爆欲杀死太一时被波及到而身陨，按说巫族没有元神身陨后自当消失在天地之间。可这蚩尤却是巫族众大巫之中的一个怪胎，其年少之时曾误食一支仙草，慢慢的却是产生了元神，众祖巫大异之，命蚩尤将那仙草的样子画下来，命众巫人在洪荒中寻找，耗时亿万年却是一颗也未找到，众祖巫只好不了了之。那蚩尤在身陨之后一点真灵飘飘荡荡来到九幽黄泉阴阳二气轮回盘前，投身其中转世投胎，蚩尤在轮回中浑浑噩噩转世数十世。在这一世投身到九黎部落时身上的巫族血脉才开始慢慢觉醒，族人见蚩尤能征善战便在老族长过世后推举蚩尤为部落首领。
终于蚩尤身上的巫族血脉完全觉醒了，蚩尤的一身神通也慢慢恢复了，蚩尤的巫族血脉觉醒后思及远古之时巫族的荣光，不愿看到巫族就此落寞，便开始在洪荒各处邀请巫族剩余的族人相助，那些小巫、巫人看到蚩尤的大巫血脉全部汇聚在了蚩尤的麾下，但是众大巫中除却与蚩尤关系最好的风伯、雨师愿意相助蚩尤，其他人均不愿出山相助蚩尤。蚩尤极为不满却也是无法，这时风伯对蚩尤说道：“蚩尤，你虽是大巫中的强者，但是那些活下来的大巫也都不弱，你在他们中的威望不足，他们都不愿听从你的领导，大巫刑天乃是我巫族和后羿并称的祖巫之下的最强者，而大巫九凤是祖巫强良的妹妹，他们二人在巫族中素来声望极高，如果你能请出大巫刑天和九凤相助，那么其他人都会来帮助你。”蚩尤一听顿时高兴起来，赶忙起身向准备到祖巫殿去请出大巫刑天和九凤。雨师见状忙阻止蚩尤，说道：“蚩尤，刑天和九凤自从巫妖大战之后便心灰意冷，为保存我巫族的血脉和圣地二人一起在祖巫殿看守祖巫殿，却是不见外人，你去后如何劝说他们二人？”蚩尤说道：“我巫族本为这大地之上的主宰，如今这洪荒大地却是被女娃造出来的人族所占据，刑天与九凤乃是我巫族中的佼佼者，以前是没有机会，如今我身为九黎部落的首领，却是可以用此身份来争夺人皇之位，当我夺得人皇之位时便是我巫族再次兴起之时。”说完便离开了部落。
