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真新镇。
一个风景秀丽，充满着田园气息的关东小镇，原本没有什么出奇的地方，然而关东研究界却几乎无人不知道这地方。
只因，这里住着一位全关东，甚至全联盟最权威，没有之一的博士大木博士。
真新镇一处广阔的山脉，大木博士的研究所就坐落在这里。
幅员辽阔，又地形复杂，树林、丘陵、湖泊、山地，各种地形几乎应有尽有，让各种各样的神奇宝贝们自由居住生活。
研究所里，一个穿着研究服的老年人正对着屏幕津津有味地吃着泡面，他就是关东最有名的大木博士。
在这里，有无数可爱的小精灵自由自在的嬉戏着，旁边一个约莫十岁大小的少年正兴致勃勃地对着一头有着六条尾巴的火红色小狐狸做着健康检查。
“博士，这只六尾已经康复了，发育情况也比较良好，属于优秀级别，看来小星培育的很好。”少年人认真的回道。
“是嘛，才出去两个月就能找到这么好的一只六尾，看来小星在外面旅行很好，真是真新镇的希望之光啊。”大木博士吃着泡面抽空赞叹道。
“是啊，两个月已经传回来十三只神奇宝贝，加上自己拥有的六只神奇宝贝，说不定这次参加石英大会能取得一个好的名次。”少年人脸上露出一丝自信的微笑，只是眼神中难免浮现一丝黯然。
大木博士看在眼里，难得地放下手里的泡面，朝少年人道：“智辉，你和小星一样都十岁，按理说，你也应该一起出发旅行的，结果要让你一个人在研究所里陪我。”
“博士，没事，这些都是我自愿的。”少年人也就是智辉不在意的笑道。
作为一名十岁少年，他其实一直有一个隐藏的秘密没有告诉别人，他是穿越者。
来自一个所有人都知道的世界——水蓝星。
他穿越的方式很正常，出门被车撞，不过不是因为救人，而是因为一辆车突然失控，然后他就这么华丽的倒过去了。
醒来之后，智辉发现自己躺在病床上，还想着是哪位好心人救的他，结果异常惊讶的发现这个医院的护士压根儿不是人，而是一个人形蛋。
当时，智辉惊讶地差点滚下床，因为这蛋，他知道，就是前世神奇宝贝里面的乔伊小姐标配吉利蛋。
接着，他又不出所料地看到了乔伊小姐，当时他其实挺开心的，一来，被车撞了竟然没死，能重新活一次，二来，他小时候最喜欢的动漫就是神奇宝贝，现在可以穿越到这地方，简直不要太好。
那么多的可爱到爆的神奇宝贝，还有各种丰富的地方景色，真的不要太好玩。
尤其是还安全，只要不作死，整体来说世界一片和谐，否则也不可能让一群十岁的小鬼满世界的旅游。
再接下来，智辉惊讶的发现自己这一次的妈妈竟然就是神奇宝贝里面小智的妈妈花子，而自己的弟弟也就是神奇宝贝动画片里面的一号主角小智。
妈妈温柔大方，弟弟虽然热血却听话，智辉在经过初时的不适应之外，很快就喜欢上了新的家庭，并且等着十岁的时候在大木博士这里拿走自己的初始小精灵。
直到一次，晚睡的智辉发现妈妈花子累得躺在椅子上睡觉的时候。
