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米德芝尔达．地上本部
自从
事件过后已经有将近两年的时间，经历过内部大清洗的时空管理局逐渐恢复过来，用实际行动在民间重新建立起威信。
如今，除了一些正直的年老高层外，大部分都是从民间招聘进来的年轻人，期间不仅提高了与民间的关系，更改变了很多迂腐的制度，为管理局注入更多的活力和未来。
曾经在
事件中的主犯者——杰尔．斯卡利艾迪已经被下达了判决，其中牵扯到许多复杂因素，这场审判十分迅速地判下来，结果是无期徒刑。
而以他爲首的十二位战斗机人，除了乌诺、托蕾、柯瓦特罗和塞缇不愿意配合外，其余七位都十分配合的接受教育工作，因此她们的刑期比预期更早的得到自由。
另一方面在摇篮战役中失去踪影的尼奥．亚维路克斯至今仍然下落不明，被解散的机动六科成员们一边接任务一边寻找，除此以外，还有曾经接受过尼奥教导，以文森特．布莱斯队长、罗德．克莱格副队长和战术参谋阿道夫．瑞奇爲首的所有特殊行动部队队员自愿投入无限期的搜索行动中。
自从上次六科解散之后将近一年，昔日在
事件中活跃过的主角高町奈叶、菲特．泰斯塔罗莎．哈拉温、八神疾风，今日于地上本部重新相聚。
相互看了看阔别一年未见的挚友，时间过得真的很快，转眼间差不多过去一年了，可是想要追寻的身影直到现在都未曾有过任何消息。
疾风率先向两人打招呼：「一年没见了，奈叶、菲特，别来无恙吗？」
菲特露出略为伤感的笑容：「我们还是如以往那样，只是…很想念他……」
奈叶坚毅的脸上不禁流出一丝憔悴和心痛：「已经两年没见到他了，到处都找不到他的身影，记得两年前的情人节还收到他的巧克力，那时候真的很开心，但后来才发现他的木头性格，搞得我们哭笑不得。」
她们口中的“他”到底是谁，相信不用说也知道，思念依然如旧，只是随着时间的流逝，这份不减反增的思念反而越来越浓厚。
接着又是一阵沉默，尼奥的下落不明成爲了她们最大的心结。
感觉到身边的气氛越来越沉重，菲特连忙把话题引开：「话说回来，疾风你怎么突然召集我们？发生了什麽事吗？」
疾风从文件夹中抽出一份文件摆放在两人面前：「这就是我召集你们的主要原因。」
「这是？」菲特拿起文件翻阅，平静的脸色很快转化为震惊。
奈叶探头过来查看，看到开头的一行关键字，顿时惊呼出声：「机动六科的成立通知！？」
当初约好了找到尼奥才重新成立六科，可如今连他的一点消息都没有却收到六科重新成立的通知。
放下手中的文件，菲特皱起眉头向疾风询问：「疾风，这到底是怎么回事？」
早料到这个问题，疾风无可奈何道：「这是管理局高层的决定，我无法干涉。」
「一般来说总局不会无缘无故让六科重新成立，是不是发生了什麽事件？」
奈叶认真将其中的矛盾分析说出来，自从尼奥失踪后，她对世界的认识从头开始，昔日单纯天真的她已经伴随着他的失踪一起隐藏起来了。
「正如你们所料，发生事件了。」对于她们直接的敏锐，疾风发出一声无奈的叹息，缓缓陈述：「事件的首次是在尼奥失踪一个月后发生的……」
一切都从摇篮战役结束后开始，自从战斗结束后，各个次元时空的空间时不时会出现不稳定的扭曲迹象，不过由于程度十分轻微，轻微到让人忽视，所以负责观察的局员直接忽略了。
可是这种现象一直没有得以平息，可规模却偏偏小得让人忽视，只要再深入一些观察，不难发现其中的端倪，各个次元时空之间的扭曲现象微微有着连接迹象，可惜刚经历完一场大战又要面临内战的管理局无暇兼顾，所以一直无人关心。
直到一个月后终于爆发了，位于第二十七管理内世界的一座偏远城市，发生一宗大型空间扭曲案件。
都市中心人口最密集的闹区毫无征兆的裂开一道直径五十米的中小型次元裂缝，大量不明生命体从次元裂缝中涌出，展开无差别屠杀。
由于事件发生得过于突然，管理局根本无法反应过来，当事件发生后十分钟左右，一个身份不明人物介入战斗，以极快的速度击杀敌人，战斗结束后立即消失。
当管理局人员到达现场后，留下的是化为废墟的都市，从残破不堪的废墟能够看出，可见其中的战斗有多险恶、激烈。
