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特异功能现象超出了现代自然科学的知识范围，无法解释。
很多科学家曾经针对一些特异功能现象提出过一些假说。但这些假说往往只能牵强地解释这些现象，而不能解释其它现象，或者就这些现象稍作调整便不能自园其说。
如有的学者认为人体特异功能与电磁辐射有关。很多功能者在发功时能对检测电磁波的仪器产生影响，使其指针摆动或有所显示，由此看来似乎电磁辐射理论能够成立。但是进一步的实验又否定了这个理论，在进行实验时若把检测电磁波的探头或其它接受部件去掉，检测仪器的指针仍然摆动或有所显示。
又如用意念使物体穿越实物屏障，特异功能者可用意念使封在玻璃瓶中的药片从瓶底掉下来，用高速摄影机记录这一过程，从高速摄影的照片上可以看到完整的药片一点一点的穿越玻璃瓶。面对这一现象科学家们提出了物质异态说。认为药片在穿越瓶子时是处在异态之中，这时药片中的分子健力减弱了或者不存在了，药片便可从瓶底掉出。但这却是用未知解释未知，因为人们既不知道这种异态为何物，也不知道它的分子健力为什么消失了，以及照片上的药片为什么在这时仍然还是一个完整的形象。
另一些现象更使得现代自然科学一筹莫展，例如特异功能者怎么能从外面进入完全封闭的房间里？如何能控制他人的思维及行动？何以神不知鬼不觉地将物体由一处移至另一处？等等。所以，兰州大学物理系的王水在“物理学面临的危机”一文中说：“正如恩格斯所说：‘凡在人类历史的领域中是现实的，随着时间的推移，都会成为不合理的，因而按其本性来说已经是不合理的，一开始就包含着不合理性’。如今不管你是否原意相信，物理学毕竟又出现了危机：在中国传统文化之一的气功和由来已久的人体特异功能面前，已有的物理学手段和规律都显得无能为力。&#
;”“物理学的危机早已开始，革命迫在眉睫。”“对于从事物理学研究的人，‘气功与特异’是一个方向，但愿能有更多的人从事这一探索。”
人体特异功能是人体所出现的，超越五官感知，不可思议的能力。具有这些能力的人士有些是天生的，有些是经过气功修练到高深境界后所出现的，也有些是大难不死，如生重病或出意外之后出现的。基本上它是一种人类潜在的能力，正式的名称应该定为「人体潜能」，只不过具有这种能力的人不多，而且很难用目前的科学理论来解释，从而安上了一个「特异功能」的名号。
以性质来分，特异功能可以划分为两种不同的类型：一种是拥有超越五官感知能力的「超感知觉」，也就是外国超心理学所谓的
()能力，包括有心电感应、透视力、预知未来以及回知过去的能力。也就是这个人变得很敏感，别人心里想的事，他可以感觉得到(心电感应)；他可以「看」到远方发生的事情，或穿透障碍物看到内部的东西(透视力)，他可以预知未来数小时或几天会发生的事情(预知未来)；也可以在摸到一个人所用过的物品或本人，而说出这个人过去所经历的事情(回知过去)。另外一种类型的特异功能是人体发放能量操控外界事物能力，包括以意念使物件移动、种子发芽的念力；使物体从封闭的容器穿壁而出的「空间移转」能力等之。
