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某一天，来自外太空的大筒木辉夜来到了地球
吃了地球上神树的果实
有了查克拉和十尾
生了俩儿子
大筒木羽衣和大筒木羽村
辉夜为了获得力量，把手伸向了平民
被两儿子发现，然后大战母亲
大儿子羽衣用地爆天星创造月球封印了母亲，并把十尾分成了一到九尾，剩下一个十尾躯壳外道魔像。把外道魔像送上了月球，二儿子羽村前往月球，历代子孙守护着月球。
但是，辉夜在被封印之前创造了自己的意志分身，即是辉夜的第三子黑绝。
然后开始了黑绝救母记。
大筒木羽衣有个两个儿子，长子因陀罗，次子阿修罗。
长子继承了阴遁，即精神力量，瞳力。次子继承了阳遁，就是身体力量。
两兄弟因理念冲突，加上被黑绝在暗中挑拨离间。一直在争斗，之后两人血脉的家族也一直在延续斗争。
变成了宇智波一族【因陀罗】和千手一族，漩涡一族【阿修罗】
两人的灵魂也在转世，到了千手柱间和宇智波斑这一代。
千手柱间和宇智波斑建造了木叶村。
其他国家也在效仿，又成立了雾隐村，岩忍村，云隐村，砂忍村等村子。
千手柱间和宇智波斑捕获了九只尾兽，卖给了这四个村子，只留下了最强了九尾。
形成了五足鼎立。但木叶是最强，前三次忍者大战都是其他四村针对木叶开战的。
黑绝还在宇智波石碑上埋了个大坑，那就是无限月读
千手柱间和宇智波斑死去之后。
查克拉转世到了漩涡鸣人和宇智波佐助
剧情开始
鸣人生下来就是孤儿，他的父母因保护村子而牺牲，爸爸更是四代火影。但因体内有着怪物九尾，村民们又不知道鸣人父母真相，而被村民嫌弃，孤立。
佐助生下来有着家族和家人，严厉的父亲，爱他的母亲，还有他的哥哥宇智波鼬。但因特殊原因，哥哥宇智波鼬屠尽了宇智波一族，只剩下佐助。佐助从而憎恨哥哥。成为复仇者。
鸣人与佐助相识，鸣人想要改变佐助。后来他们和同届的春野樱，老师旗木卡卡西组成了第七班。
重要事件发展：
宇智波灭族；终末之谷决战结束后，宇智波一族渐渐显露出对柱间独霸木叶的不满。一部分族人开始争夺木叶的重要职务，试图瓦解千手一家独大的局面，甚至图谋火影的宝座。千手以及其他族群更是对宇智波斑的叛乱行为耿耿于怀；对宇智波丧失信任、隔阂与日俱增。千手扉间为了避免引起大事、同时又不能对宇智波赶尽杀绝。
但自从九尾之乱后，宇智波一族受到严重怀疑。九尾瞳孔中的写轮眼也说明一切。宇智波族人也心性高傲，早有了叛逃之心。
但是宇智波一族的政变被木叶高层发现。派宇智波鼬屠尽了宇智波一族，并“叛逃”潜入晓组织为村子收集情报。
