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在家族和村子中，宇智波鼬选择了村子。“死去”的宇智波带土也在暗中帮助了鼬，搜集了一部分写轮眼。
组成第七班；鸣人和佐助还有春野樱组成了第七班，鸣人喜欢小樱，小樱喜欢佐助。
波之国委托；卡卡西带着第七班接取了一个来自波之国达兹纳级别护送任务，却在途中被忍者袭击。发现这并不级别，第七班商考许久，决定先完成任务。在途中，他们打败了雾隐村叛忍，忍刀七人众之一的再不斩。鸣人也爆出了尾兽查克拉，佐助打开了双勾玉写轮眼。
中忍考试；其中最重要的就是日向雏田，雏田小时候会被别的小朋友欺负，而鸣人在一次中救了雏田，雏田因此喜欢上鸣人。鸣人在中忍考试中更是因为雏田而和日向宁次大打出手。改变了宁次对家族憎恨的思想。
音忍入侵；木叶的昔日叛忍，三代火影的亲传弟子大蛇丸假扮了砂忍村的村长风影，联合砂忍村，集中了自己的村子音忍村的兵力，入侵了木叶。三代火影在此战战死。
追寻纲手；三代火影战死，木叶缺少了火影。而三代火影的弟子自来也，鸣人的老师又不愿当五代火影，就和鸣人出村寻找了三代火影的弟子，千手柱间的外孙女千手纲手来担任火影。
佐助夺回战；鸣人和佐助的矛盾逐渐激化，佐助决定投奔大蛇丸，获得足以复仇的力量。鸣人和佐助在终末之谷决战，但佐助还是出村。鸣人、鹿丸、牙、丁次、宁次、李前去追赶，后砂隐三人组到达帮助，鸣人不敌佐助，佐助离去。
外出历练；鸣人跟随自来也修行的两年半。
晓组织事件；晓组织是一个收集尾兽的组织，首领长门有着宇智波斑的轮回眼，长门可以通灵出来外道魔像，而合成十尾，成为神，这样就可以实现世界和平。晓开始蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被晓的成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前往砂忍者村，并找出晓的根据地，但我爱罗已经被抽离尾兽而死亡。愤怒的鸣人不顾一切地追赶迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交战，最终将蝎打倒。千代婆婆牺牲自己的生命，使用转生忍术将我爱罗复活，鸣人他们回到木叶忍者村。
佐助鹰小队；佐助叛逃时归到了大蛇丸，但获得力量的代价是佐助的身体。佐助清楚时间到了，所以‘杀死’了大蛇丸。并集结了香磷，重吾，水月，成立鹰小队。向鼬寻仇。佐助杀死了鼬，也得知了灭族的真相，开启了万花筒写轮眼，并痛恨木叶，要把木叶毁灭。在阿飞【宇智波带土】的邀请下加入了晓。
晓入侵木叶；晓为了抓捕九尾，派出飞段和角都前往木叶抓捕鸣人，但是不死二人组失败了。自来也为了掌握晓的情报，前往雨忍村，但是却被杀死。鸣人得知自来也死去十分痛苦，前往妙木山修行仙术，获取更强的力量。晓的首领长门亲自来到木叶，用他的六具傀儡，佩恩六道毁灭了木叶。在千钧一发之际，鸣人赶到，于长门展开战斗。鸣人输了，就要被抓走之际，雏田来救鸣人，表达了对鸣人的心意。但不敌长门，被打败。鸣人暴怒，想要解开九尾的封印，但被意识中的父亲救回。打败了佩恩六道，说服了长门，长门用了轮回天生复活了他杀死的人。也死去。鸣人成了村子的英雄。
第四次忍界大战；纲手在之前的战斗中昏迷，宇智波灭族的操控者志村团藏夺取了火影之位，前往铁之国参加五影会谈。佐助为了复仇袭击了五影会谈，在快被杀死之际，阿飞救了佐助，宣告了自己要发动四战。最终团藏被佐助击杀。
鸣人在云忍村历练掌握了【九尾查克拉模式】
阿飞在雨忍村夺取了轮回眼，并和药师兜联合起来，发动了白绝大军和秽土转生军团。
佐助在明白了自己的意志之后，和历代火影一起前往了战场，昔日第七班再次重聚。
在战斗中，阿飞的面具被打破，真实身份暴露，竟是卡卡西的昔日队友宇智波带土。带土在一次任务受伤被暗地宇智波斑救回，并洗脑，成为他的棋子。
带土有了不完全的尾兽，鸣人集齐了忍者联军所有的力量。带土获得了十尾之力，让众人陷入苦战，并打算利用十尾的本体神树发动月之眼，但在众人的奋战之下其体内的尾兽被抽离，鸣人用嘴遁说服了带土。带土在奄奄一息之时遭到黑绝的控制而发动轮回天生使斑完全复活，斑抽离了鸣人体内的九尾，又用剑刺穿了佐助的身体，在夺取了全部尾兽之力后成为十尾人柱力。&#
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阿凯为了打败斑，开启了八门遁甲，差一点便将斑逼入绝境，但没有成功击杀斑。鸣人和佐助在濒危之际，羽衣动用自己的力量，救了鸣人和佐助，给了他们更强大的力量。重返战场的鸣人和佐助利用六道之力压倒了斑的力量，但斑施展了无限月读，让全世界陷入了幻术当中。鸣人、小樱和卡卡西受到佐助轮须佐能乎的保护而没有陷入。斑遭到黑绝的偷袭。黑绝利用斑的使辉夜复活。
辉夜要利用无限月读制造白绝大军并取回自己的查克拉，打算将鸣人等人抹杀，将在场的众人传送至自己的空间。众人在辉夜的空间中与辉夜交战，带土也加入鸣人等人一同作战。带土为了保护众人而被辉夜击杀，卡卡西暂得到带土写轮眼的力量而开启须佐能乎，众人终于合力将辉夜封印，并在六道仙人的帮助下回到原来的世界。
辉夜被封印后，斑和柱间死去。秽土转生被解除。佐助说出自己的真正目的是“革命”，为此要将五影一并处决，并将尾兽们再次囚禁。鸣人阻止这样的轮回，并与佐助展开决战。
两人在当初曾经战斗过的终末之谷再次展开激烈的战斗，都各断一臂，并和解。佐助认输，两人解除了无限月读。
之后，卡卡西成为第六代火影，鸣人成为了全忍者的大英雄，佐助开始游历世界。鸣人与雏田结婚。佐助与小樱结婚。木叶十二小强，除了死去的宁次，都过上了幸福的生活，成为木叶的中流砥柱。
卡卡西又把火影之位传给鸣人，鸣人成为第七代火影。
全剧终
哭辽
