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发展传统医学，方南没有忘记《本草纲目》这本神作。
《本草纲目》一共五十二卷，是李时珍从嘉靖三十一年(
)开始撰写至万历六年(
)结束，稿凡三易。
此书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书，以《证类本草》为蓝本加以变革。
书中序例相当于总论，述本草要籍与药性理论；卷
“历代诸家本草”，介绍明以前主要本草
种；次辑录明代以前有关药物气味阴阳、五味宜忌、标本阴阳、升降浮沉、补泻、引经报使、各种用药禁忌等论述，其中又以金元诸家之论居多。
卷
～
为“百病主治药”，沿用《证类本草》“诸病通用药”旧例，以病原为纲罗列主治药名及主要功效，相当于一部临证用药手册。
卷
～
为各论，收药
种，附图
种。
几乎可以将《本草纲目》称呼为这个时代里传统医学的“百科全书”，学徒只要背会背会《本草纲目》，再在老师的照看下进行几年实习，基本上可以出师。
其他经验丰富的大夫也可以多看看《本草纲目》，经验再丰富的大夫也不可能什么病症都知道。
《本草纲目》在大明统治区在已经印发，只不过规模还小，了解的人并不多，军情处将几份《本草纲目》带回来，已经批量进行印刷，放到文华书店出售，并推荐治下大夫、学徒购买《本草纲目》，不强制，买不买是他们的选择。
等到日后医科大学建立起来，学习传统医学的学生们，肯定要学习《本草纲目》。
相比于发展缓慢的传统医学，现代医学发展速度还要快一点，不是现代医学的知识增加，而是勉强算作学习现代医学的人大大增加。
在大多数人看来，针灸、汤药属于传统医学，开刀属于现代医学，实际上在元以前，华夏大地上的大夫们在外科手术上已经有不少发展，只可惜到了明代，以针灸、汤药为主的保守治疗大行其道，外科手术已经没落。
比如战场上一个士兵胳膊被到划了一个大口子，出了很多血，治疗方法就是使用十灰止血散或者金疮药止血，再用布包扎，遇到流血不止的情况就比较残忍了，需要火烙使血管烧焦达到止血目的，因为没有麻醉药物，伤者需要忍着剧痛来疗伤。
明军中随军大夫很少，士卒们受伤了往往得不到有效治疗，受重伤直接等死，受轻伤也有可能因为伤口感染而死，只有军官将领受伤才会有大夫快速赶来治疗。
至于用针线缝合伤口，在明军中基本上看不见。
