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车兵在明军编制中也有，主要用来抵挡骑兵的，林振轩想了想，也把这个编制给加上去了，总有一天会与骑兵相遇，不如此时就组建车兵，研究对付骑兵的办法。
陆军的编制没有做多大的变动，只是采用了三三制，十二人为一伍，设伍长一名，三伍为一队，设队长一名，三队为一哨，设哨官一名，三哨为总，设把总一员。三总为一营，由主将统领。
如此，一伍
人,一队
人,一哨
人，一总
人，一营
人了。
这样设置，一伍士卒正好可以使用戚继光的鸳鸯阵进行训练，在配合鸟铳、弓箭、弩箭、大炮等远程攻击手段，基本能够适合了丘陵沟壑、河渠纵横、道路狭小的南方地形作战了。
林振轩暂时就准备招满一营将近一千人的士卒，陆军的编制如此，那么水军的编制也会改变一些，首先，缩减了很多犹如近身搏斗兵种，增加了炮手部队。
水军的编制将为，五艘战船组成一个小队，一小队中将囊括从小到大的各式战船，这也是没有办法的事，林振轩倒是想将所有的船变成三桅战船，但是实际情况却不可能，只有暂时使用一些小吨位的船只。
当然，如果遇到强敌，各个小队的大船将统一由林振轩进行指挥作战。
而林振轩手中的陆军肯定是从原海盗与水兵中招募的，所以都熟悉水性，同样可以做海军陆战队使用。
林振轩将张大海、魏嚣尘等将领召集到杨府，然后抛出了自己的改编方针，当即便激起了千重浪。&#
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这次改编，将打乱所有原有的编制，此举是防止东海帮，南海帮，以及李家派系的人马各自抱团，力求做到每队，甚至每伍士卒当中，都有来源不同的士卒。
魏嚣尘如何不明白林振轩的心意，想要提出反对意见来，却不敢提出口来。
林振轩这样子，显然是想把所有的军队牢牢控制在他自己手中，魏嚣尘可不敢自讨麻烦。
好在林振轩给了他一个战船小队的队长职位，也算保住了手中大半部分势力。
沈三就比较郁闷了，林振轩已经把他踢出了军队系统，而是让他当教育局局长，教育局听起来很风光，但是军民一共一万多人，登上台湾后，估计会成了那么一所学院，沈三就去管理这所学院了。
张大海被调入了陆军编制中，成为目前暂定下来的唯一一名把总，其他的职位，都根据这数次战争的战功而定。
每次战争结束，林振轩都会让人统计战果，奖赏有功之臣，但是由于时间紧急，并没有改变多大的编制。
在这一次的改编中，这些功勋一下子合在一起，以功升迁，一大批中下级军官几乎都是新面孔，连林振轩自己都有很多不认识的。
这些人得到前来杨府参加改编大会之后，都是不可置信的样子的，等到一份份的任职命令下放到他们手中时，俱是激动得无以复加，对林振轩暗暗感激不已。
